Sanger测序
亚硫酸氢盐处理+Sanger测序是DNA 甲基化分析的金标准。经过亚硫酸氢盐处理后,用 PCR 扩增目的片段,并对PCR 产物进行测序,将序列与未经处理的序列进行比较,判断 CpG 位点是否发生甲基化。这种方法可靠,且精确度高,能明确目的片段中每一个 CpG 位点的甲基化状态。
TaqMan探针法
TaqMan探针和PCR 引物来区分甲基化和未甲基化的DNA。首先用亚硫酸氢盐处理 DNA 片段,并设计一个能与待测位点互补的探针,随后开展实时定量 PCR。这种方法最大的优势在于其高通量和高敏感性,且无需在 PCR 后电泳、杂交等操作,减少了污染和操作误差。
高分辨熔解曲线(HRM)法
亚硫酸氢盐处理后,甲基化与未甲基化 DNA 会存在序列差异,这种差异可通过熔解曲线分析来发现,因为甲基化 DNA 含有更多的 GC,相对更难熔解。根据熔解温度及峰型的变化,可轻易区分完全甲基化、完全非甲基化或杂合甲基化。高分辨率熔解 (HRM) 技术可检出极微小的差别。使用这种方法进行甲基化分析仅需一对引物,相比其它的方法更加快捷、简便和精确。
样本类型
植物:叶、茎、皮、花、果实、种子、块根、干样本、中药材等;
动物:组织、细胞、血液、干血斑、拭子、骨骼、唾液、石蜡切片、毛囊、粪便、尿液、分泌物、法医检材等;
微生物:真菌、细菌,土壤、粪便等;
藻类:如硅藻、蓝藻、绿藻、褐藻等。
送样要求
1. 样本本身DNA无明显降解。可提供新鲜材料,冻存材料或样本保护液保存的材料。建议使用样本保护液采集和保存样本,可常温下运输样本,方便操作,DNA质量更好;
2. 完整准确填写样本信息表,干冰运输(使用样本保护液的样本无需干冰运输);
3. 样本无传染性、无致病性;
4. 基因信息:待测STR/SSR 位点、序列或引物.
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